Na vzdialenej planéte Rubicon 3 bola objavená záhadná nová látka nazývaná "koral". Ako zdroj energie sa očakávalo, že táto látka výrazne zvýši technologické a komunikačné schopnosti ľudstva. Namiesto toho spôsobil katastrofu, ktorá pohltila planétu a okolité hviezdy v plameňoch a búrkach, čím sa vytvoril Horiaci hviezdny systém. Takmer o polstoročie neskôr sa koraly znovu objavili na planéte Rubicon 3, ktorá je teraz v dôsledku katastrofy kontaminovaná a uzavretá. Mimozemské korporácie a odbojové skupiny bojujú o kontrolu nad touto látkou. Hráč sa infiltruje do Rubikonu ako nezávislý žoldnier a ocitne sa v boji o podstatu s korporáciami a inými frakciami. ARMORED CORE VI FIRES OF RUBICON s vysoko mobilnými a prispôsobiteľnými mecha robotmi stavia hráčov do rýchlych bitiek, v ktorých môžu naplno využiť útočné a obranné manévre na zemi a vo vzduchu, aby premohli nepriateľov. Aby sa hráči stali najúspešnejším a najziskovejším žoldnierom, musia zvládnuť rýchlo sa meniace bojové vzdialenosti, využívať prostredie na ochranné krytie a všesmerový boj na prekonanie náročných nepriateľov a situácií.